Нанотехнологическое сообщество Нанометр, все о нанотехнологиях
на первую страницу Новости Публикации Библиотека Галерея Сообщество Объявления Олимпиада ABC О проекте
 
  регистрация
помощь
 

Бактерия Saccharopolyspora spinosa делает невозможное: ферментативная реакция Дильса-Альдера.

Ключевые слова:  AnanikovLab, молекулярное моделирование, органическая химия, спинозин, ферменты, циклоприсоединение

Опубликовал(а):  Попова Олеся Геннадьевна

09 апреля 2015

Долгое времени считалось, что реакция циклоприсоединения является исключительно синтетическим методом органической химии и не встречается в природе, поскольку не было достоверных доказательств существования ферментов, катализирующих такой процесс. Интереснейшей находкой оказалась бактерия Saccharopolyspora spinosa - этот микроорганизм, как выяснилось, способен осуществить внутримолекулярную реакцию [4+2] циклоприсоединения. Теоретическое исследование механизма реакции циклоприсоединения, выполненное в Институте органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской Академии Наук (Москва), выявило энергетически сбалансированную координату реакции для этого уникального процесса. Результаты исследования, опубликованного в журнале PLOS ONE (doi: 10.1371/journal.pone.0119984), дают новое представление о механизме ферментативной реакции циклоприсоединения.

Механизм ферментативной реакции циклоприсоединения пока остается загадкой.

До недавнего времени предполагалось, что реакции циклоприсоединения (также широко известные как реакции Дильса-Альдера) не встречаются в живой природе, и ферменты, катализирующие такие процессы, также не были известны. Однако спустя некоторое время были открыты некоторые микроорганизмы, поставившие себе на службу реакцию внутримолекулярного [4+2] циклоприсоединения. Оказалось, что кое-кто в живой природе все-таки умеет осуществлять такие превращения: совсем недавно в клетках бактерии Saccharopolyspora spinosa был обнаружен фермент SpnF, катализирующий внутримолекулярную реакцию Дильса-Альдера, в результате которой образуется Спинозин А – природный тетрациклический инсектицид. Действительно, внутримолекулярная реакция [4+2] циклоприсоединения является наиболее оптимальным способом для получения полициклической основы Спинозина А (рис.1).

Рис. 1. Синтез молекулы Спинозина А происходит в результате реакции Дильса-Альдера.

В лабораторных условиях такие химические превращения требуют относительно жестких условий. Например, высоких температур в районе 80-120 °C, которые недостижимы внутри живых клеток. Уникальной особенностью ферментов является их способность обеспечивать протекание реакции с высокой селективностью при намного меньших температурах. В таких процессах обязательно необходим катализатор для уменьшения энергии активации реакции. Следствием катализа является намного более высокая скорость реакции по сравнению с некаталитическим процессом. Несмотря на то, что катализатор активно участвует в химическом превращении, он полностью регенерируется по его завершении и способен снова катализировать химические реакции.

В общепринятой модели ферментативного катализа одностадийная некаталитическая реакция с высокой энергией активации заменяется многостадийной каталитической реакцией, протекающей через последовательность переходных состояний и промежуточных продуктов с низкой энергией (рис. 2, слева). В рамках этой общепринятой схемы оказывается невозможным объяснение значительного каталитического эффекта в реакции циклоприсоединения, приводящей к молекуле Спинозина А. В результате моделирования методами квантовой химии было показано, что классическая схема обеспечивает незначительное уменьшение энергии активации, то есть не приводит к существенному ускорению реакции.

Новый механизм ферментативной реакции образования Спинозина А был предложен и количественно охарактеризован теоретическими методами в работе профессора В.П. Ананикова и сотрудников из Института органической химии им. Н.Д. Зелинского РАН. Предлагаемый авторами механизм обеспечивает значительно больший каталитический эффект ферментативной реакции для данной реакции по сравнению с общепринятой схемой.

Рис. 2. Общепринятый путь каталитической реакции (слева) и предлагаемый в работе энергетически сбалансированный путь каталитической реакции (справа); ПС обозначает переходное состояние.

В рамках предложенной модели допускается, что гибкая молекула циклического субстрата может сжиматься под действием окружения в активном центре фермента, в результате чего происходит сближение соединящихся фрагментов молекулы (диен и диенофил, рис. 1) в составе молекулы субстрата до достижения состояния, очень близкого к переходному состоянию реакции циклоприсоединения.

Однако сжатие молекулы приводит к увеличению ее энергии. Это увеличение энергии компенсируется за счет образования водородных связей между молекулой субстрата и аминокислотными остатками в активном центре фермента. После нескольких стадий такого сжатия/компенсации полная энергия системы изменяется незначительно, однако структура молекулы субстрата значительно приближается к структуре переходного состояния. После этого даже небольшое смещения атомов углерода, участвующих в реакции циклоприсоединения, приводят к достижению точки переходного состояния и далее к образованию продукта реакции. Таким образом, общий путь реакции включает несколько промежуточных состояний и только одно переходное состояние (рис. 2, справа).

Если рассмотреть механизм реакции более детально, то можно отметить следующее:

Общепринятый механизм. Методами молекулярного моделирования в работе показано, что координация аминокислот, имитирующих окружение в активном центре фермента, таких как глутамин и серин (всего до трех молекул аминокислот) с молекулой субстрата приводит к незначительному уменьшению энергии активации: от 27.8 ккал/моль для изолированной молекулы субстрата до 25.1 ккал/моль для ассоциированной с тремя молекулами аминокислот молекулы субстрата (на уровне теории - B3LYP/6-311+G(d)). Такое снижение барьера реакции, конечно, вносит свой вклад в ускорение процесса, но не может иметь принципиального значения.

Энергетически сбалансированная координата реакции. Для объяснения большего каталитического эффекта авторами работы предложена другая модель ферментативного катализа. Реакция начинается в точке I, соответствующей изолированным молекулам субстрата и фермента. В результате специфического взаимодействия между ними, субстрат располагается в активном сайте фермента (точка II), причем в процессе перехода системы из состояния (I) в состояние (II) происходит уменьшение энергии системы на 7.3 ккал/моль за счет образования водородных связей между молекулами фермента и субстрата. Затем происходит сжатие молекулы субстрата (III), таким образом, что выигрыш энергии, полученный в результате координации первого аминокислотного остатка, компенсируется, и полная энергия системы повышается до уровня энергии системы (I). Далее происходит координация второго аминокислотного остатка (IV), снова сопровождающаяся уменьшением энергии, и последующее сжатие субстрата (V), компенсирующее это уменьшение. В результате третьей стадии координации-сжатия (VI-VII) субстрат геометрически приближается к переходному состоянию (VIII), которое в свою очередь стабилизировано координацией с тремя аминокислотами так, что его образование уже не требует того количества энергии, как если бы оно формировалось из точки (II). После того как стадия циклоприсоединения завершилась, продукт остается какое-то время в ассоциированном с ферментом состоянии (IX), и лишь затем покидает полость активного сайта (X). В результате энергия активации такого процесса (если отсчитывать ее от самой энергетически низкой точки IV) составляет 19.0 ккал/моль, что по сравнению с 36.6 ккал/моль для некаталитического процесса (черная линия на рисунке) представляет собой значительное уменьшение энергии активации.

Рис. 3. Энергетически сбалансированная координата реакции (синяя кривая) характеризуется намного меньшей энергией активации по сравнению с некаталитическим процессом (черная кривая).

Таким образом, в предложенном механизме каталитический эффект достигается за счет движения по энергетически сбалансированной координате реакции. Сжатие молекулы субстрата в активном центре фермента и приближение к структуре продукта достигаются за счет ступенчатого процесса, сопровождающегося образованием водородных связей. Принципиально важно отметить, что данное превращение проходит всего лишь через одно переходное состояние. В отличие от общеизвестных представлениях об энзиматическом катализе, где постулируется обязательное наличие нескольких переходных состояний. Полученный результат развивают наши представления о механизмах работы энзимов и открывают новые возможности для создания каталитических превращений.

Статья «Computational Study of a Model System of Enzyme-Mediated [4+2] Cycloaddition Reaction» (авторы Evgeniy G. Gordeev, Valentine P. Ananikov) опубликована в журнале PLOS ONE.

Ссылка: PLOS ONE, 2015; DOI: 10.1371/journal.pone.0119984


Веб-сайт: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0119984



Источник: AnanikovLab




Для того чтобы оставить комментарий или оценить данную публикацию Вам необходимо войти на сайт под своим логином и паролем. Зарегистрироваться можно здесь

 

Similia similibus
Similia similibus

Стань частью первой в России магистерской программы в области LED- технологий!
Стать участником первой в России магистерской программы в области LED- технологий можно уже на первой волне вступительных испытаний 8 и 9 июля, подав документы в Приемную комиссию Университета ИТМО (г. Санкт-Петербург, Кронверкский проспект, д. 49). Документы также можно подать почтой.

20 июня в МГУ стартовала приёмная кампания
20 июня в МГУ имени М.В. Ломоносова стартовала приёмная кампания. В новому учебном 2019/2020 году в Московский университет поступят около 10 тысяч абитуриентов, откроются 4 новых направления подготовки и свыше 10 образовательных программ.

Коллекция статей в Frontiers in Chemistry, посвященная Международному Году Периодической Таблицы Элементов
Открыт прием статей в коллекцию Frontiers in Chemistry (Open Access, IF 4.155), посвященной 150 - летию Периодической Таблицы Элементов.

Новые гибридные перовскитоподобные материалы для солнечной энергетики
Тарасов Алексей Борисович, Постнаука
Как сохранить энергию солнца или ветра? Как может измениться стационарная энергетика в будущем? В проекте «Мир вещей. Из чего сделано будущее» совместно с Фондом инфраструктурных и образовательных программ (группа РОСНАНО) Постнаука рассказывает о последних открытиях и перспективных достижениях науки о материалах.

Материалы к защитам квалификационных работ бакалавров на ФНМ МГУ в 2019 году
Коллектив авторов
4-7 июня 2019 г. (11-00) в аудитории 221 корпуса Б пройдут защиты ВКР бакалавров ФНМ МГУ.

Материалы к защитам магистерских квалификационных работ на ФНМ МГУ в 2019 году
Семенова Анна Александровна
21-24 мая 2019 года в лабораторном корпусе Б пройдут защиты магистерских диссертаций выпускниками ФНМ МГУ.

Технопредпринимательство на марше

Мы традиционно просим вас высказать свои краткие суждения по вопросу технопредпринимательства и проектной деятельности школьников. Для нас очевидно, что под технопредпринимательством и под проектной деятельностью школьников каждый понимает свое, но нам интересно ваше мнение, заодно вы сможете увидеть по мере прохождения опроса, насколько оно совпадает или отличается от мнения остальных. Ждем ваших ответов!

О наноолимпиаде замолвите слово...

Прошла XII Всероссийская олимпиада "Нанотехнологии - прорыв в Будущее!" Мы надеемся, что нам для улучшения организации последующих наноолимпиад поможет электронное анкетирование. Мы ждем Ваших замечаний, пожеланий, предложений. Спасибо заранее!

Опыт обучения в области нанотехнологического технопредпринимательства

В этом опросе мы просим поделиться опытом и Вашим отношением к нанотехнологическому технопредпринимательству и смежным областям. Заранее спасибо за Ваше неравнодушие!



 
Сайт создан в 2006 году совместными усилиями группы сотрудников и выпускников ФНМ МГУ.
Сайт модернизирован для ресурсной поддержки проектной деятельности учащихся в рамках ГК 16.647.12.2059 (МОН РФ)
Частичное или полное копирование материалов сайта возможно. Но прежде чем это делать ознакомьтесь с инструкцией.