Нанотехнологическое сообщество Нанометр, все о нанотехнологиях
на первую страницу Новости Публикации Библиотека Галерея Сообщество Объявления Олимпиада ABC О проекте
 
  регистрация
помощь
 

Лекции профессора Хенрика Флювберга

Ключевые слова:  МГУ им. Ломоносова, Хенрик Флювберг, Химфак

Опубликовал(а):  Доронин Федор Александрович

29 сентября 2013

2 и 3 октября в 446 аудитории химического факультета МГУ состоятся лекции профессора факультета микро- и нанотехнологий Технического Университета Дании (Копенгаген) Хенрика Флювберга «Integrated view of genome structure and sequence of a single DNA molecule in a nanofluidic device» и «Optimized localization-analysis for single-molecule tracking and super-resolution microscopy».

Начало первой лекции 2 октября – 12 часов. Приглашаются студенты, аспиранты, научные сотрудники, все желающие. Лекции – на английском языке. Если у вас нет пропуска в МГУ, обращайтесь к Гудилину Евгению Алексеевичу.

Integrated view of genome structure and sequence of a single DNA molecule in a nanofluidic device

Is it possible to see the genetic contents of a single DNA molecule in a light microscope? Obviously not: A light microscope can only distinguish points more than 100 nm apart while base-pairs in DNA pack three to one nanometer. On the other hand: DNA is inhomogeneous on many length scales, so the real question is: How much can one see, if one can observe DNA with 1 kb resolution? In order to get that resolution, one must stretch a DNA molecule fully, turn off its Brownian motion, and make its large-scale structure light up. We did that with an intercalating fluorescent dye and simple physical methods. In long (~2 Mb) DNA molecules extracted from whole chromosomes in a nanofluidic lab-ona- chip, we detected repetitive elements, known structural variation, as well as unique structural variations. After being mapping in this manner, a molecule of interest was rescued from the chip, amplified, and analyzed with standard methods of genetics, including sequencing to 1-bp resolution. This confirmed what we had observed with light microscopy. I will explain how theoretical physics contributed critically to the success of this project.

Optimized localization-analysis for single-molecule tracking and super-resolution microscopy

In single-molecule tracking and localization microscopy, spatial resolution of a few nanometers is achieved. This is a hundred times below the diffraction limit. Also, far-field super-resolution techniques now exist, such as photo-activated localization microscopy (PALM) and stochastic optical reconstruction microscopy (STORM), which sequentially isolate each fluorescent probe in a densely labeled sample to resolve intracellular protein localization patterns to within a few nanometers. Additional development and application of super-resolution microscopy is likely to provide insight into cellular processes at both systems and mechanistic levels. With such popularity of a technique, it is natural to ask whether it is optimal. That is: How does one optimally localized isolated fluorescent beads and molecules imaged as diffraction-limited spots? How does one optimally determine the orientation of fluorescent molecules? How does one obtain reliable formulas for the precision of various localization methods? Answer: Usemaximum-likelihood estimation and physically correct point-spread functions. Doing that, both theory and experimental data show that
(A) the very popular non-weighted least-squares fit of a Gaussian point-spread function to data squanders one-third of the available information,
(B) a popular formula for its precision exaggerates beyond the information limit, and
(C) a weighted least-squares fit may look like an improvement, but may do worse, whereas
(D) maximum-likelihood fitting is practically optimal.
I will explain everything in terms of basic physics and a little statistics.





Для того чтобы оставить комментарий или оценить данную публикацию Вам необходимо войти на сайт под своим логином и паролем. Зарегистрироваться можно здесь

 

Фуллерит
Фуллерит

Наносистемы: физика, химия, математика (2023, Т. 14, № 5)
Опубликован новый номер журнала "Наносистемы: физика, химия, математика". Ознакомиться с его содержанием, а также скачать необходимые Вам статьи можно по адресу: http://nanojournal.ifmo.ru/articles/volume14/14-5
Там же можно скачать номер журнала целиком.

Наносистемы: физика, химия, математика (2023, Т. 14, № 4)
Опубликован новый номер журнала "Наносистемы: физика, химия, математика". Ознакомиться с его содержанием, а также скачать необходимые Вам статьи можно по адресу: http://nanojournal.ifmo.ru/articles/volume14/14-4
Там же можно скачать номер журнала целиком.

Наносистемы: физика, химия, математика (2023, Т. 14, № 3)
Опубликован новый номер журнала "Наносистемы: физика, химия, математика". Ознакомиться с его содержанием, а также скачать необходимые Вам статьи можно по адресу: http://nanojournal.ifmo.ru/articles/volume14/14-3
Там же можно скачать номер журнала целиком.

Материалы к защитам магистерских квалификационных работ на ФНМ МГУ в 2023 году
коллектив авторов
30 мая - 01 июня пройдут защиты магистерских квалификационных работ выпускниками Факультета наук о материалах МГУ имени М.В.Ломоносова.

Материалы к защитам выпускных квалификационных работ бакалавров ФНМ МГУ 2022
Коллектив авторов
Материалы к защитам выпускных квалификационных работ бакалавров ФНМ МГУ 2022 содержат следующую информацию:
• Подготовка бакалавров на факультете наук о материалах МГУ
• Состав Государственной Экзаменационной Комиссии
• Расписание защит выпускных квалификационных работ бакалавров
• Аннотации квалификационных работ бакалавров

Эра технопредпринимательства

В эпоху коронавируса и борьбы с ним в существенной степени меняется парадигма выполнения творческих работ и ведения бизнеса, в той или иной мере касаясь привлечения новых типов дистанционного взаимодействия, использования виртуальной реальности и элементов искусственного интеллекта, продвинутого сетевого маркетинга, использования современных информационных технологий и инновационных подходов. В этих условиях важным является, насколько само общество готово к использованию этих новых технологий и как оно их воспринимает. Данной проблеме и посвящен этот небольшой опрос, мы будет рады, если Вы уделите ему пару минут и ответите на наши вопросы.

Технопредпринимательство в эпоху COVID-19

Небольшой опрос о том, как изменились подходы современного предпринимательства в контексте новых и возникающих форм ведения бизнеса, онлайн образования, дистанционных форм взаимодействия и коворкинга в эпоху пандемии COVID - 19.

Технонано

Технопредпринимательство - идея, которая принесет свои плоды при бережном культивировании и взращивании. И наша наноолимпиада, и Наноград от Школьной Лиги РОСНАНО, и проект Стемфорд, и другие замечательные инициативы - важные шаги на пути реализации этой и других идей, связанных с развитием новых высоких технологий в нашей стране и привлечением молодых талантов в эту вполне стратегическую область. Ниже приведен небольшой опрос, который позволит и нам, и вам понять, а что все же значит этот модный термин, и какова его суть.



 
Сайт создан в 2006 году совместными усилиями группы сотрудников и выпускников ФНМ МГУ.
Сайт модернизирован для ресурсной поддержки проектной деятельности учащихся в рамках ГК 16.647.12.2059 (МОН РФ)
Частичное или полное копирование материалов сайта возможно. Но прежде чем это делать ознакомьтесь с инструкцией.