Нанотехнологическое сообщество Нанометр, все о нанотехнологиях
на первую страницу Новости Публикации Библиотека Галерея Сообщество Объявления Олимпиада ABC О проекте

Журналу Nature Chemical Biology исполнилось 5 лет

Ключевые слова:  геном, ДНК, метаболизм, РНК, стволовые клетки

19 июня 2010

5 лет назад вышел первый номер журнала Nature Chemical Biology.

Юбилейная подборка статей (выбор редакции):

Our premiere paper (FREE)
Das, S.R. & Piccirilli, J.A. Nat. Chem. Biol. 1, 45–52 (2005)
The first paper published in Nature Chemical Biology illustrated how chemistry informs enzymology. Using chemically modified RNAs as probes of ribozyme mechanisms, Das and Piccirilli showed that that cytosine 76 is a general acid catalyst of phosphodiester hydrolysis in the hepatitis delta virus ribozyme.

Best decryption
Gama, C.I. et al. Nat. Chem. Biol. 2, 467–473 (2006)
Biological polysaccharides display a huge range of structural diversity. Hsieh-Wilson and colleagues provided compelling evidence that this diversity is not random in their demonstration that specifically sulfated glycosaminoglycan substrates are differentially recognized by growth factors and in neuronal function.

Sweetest metal interaction
Xue, Y. et al. Nat. Chem. Biol. 4, 107–109 (2008)
Cation-π interactions play a well-established role in molecular recognition. O'Halloran and colleagues brought this interaction to the fore for the first time in bioinorganic chemistry, identifying a Cu(I)-tryptophan interaction involved in metal recognition in a copper-trafficking protein.

Most mysterious
Bok, J.W. et al. Nat. Chem. Biol. 5, 462–464 (2009)
Genomic sequencing has indicated that microorganisms have the capacity to produce many more natural products than are found in culture. Work by Keller and colleagues made strides toward identifying these cryptic metabolites by showing that changes in the epigenetic state of the fungus Aspergillus nidulans activated expression of normally silent gene clusters, resulting in production of new compounds.

Most buoyant
Lasserre, R. et al. Nat. Chem. Biol. 4, 538–547 (2008)
The past decade has seen much debate about the existence of specialized membrane domains, called rafts. He and colleagues demonstrated the existence of rafts in living cells beyond their operational definition of detergent resistance and identified their role in concentrating signaling components of the PI(3)K-Akt pathway.

Best adaptation
Rackham, O. & Chin, J.W. Nat. Chem. Biol. 1, 159–166 (2005)
Synthetic biology depends on modular components that are built from biological systems but adapted for new functions. Rackham and Chin constructed mRNA-ribosome pairs that are orthogonal to the wild-type translational machinery, providing an important new approach for engineering novel cellular networks alongside the natural cellular machinery.

Greenest chemistry
Runguphan, W. & O'Connor, S.E. Nat. Chem. Biol 5, 151–153 (2009)
The complex and undefined biosynthetic pathways found in higher organisms are often unapproachable with current metabolic engineering and mutasynthesis techniques. Here, Runguphan and O'Connor provided a landmark demonstration that feeding modified precursors to a mutant plant strain allows the direct generation of alkaloid diversity.

Most evolved
Brudno, Y., Birnbaum, M.E., Kleiner, R.E. & Liu, D.R. Nat. Chem. Biol. 6, 148–155 (2010)
In vitro evolution has led to nucleic acids and proteins with tailored functions but has been limited to naturally occurring macromolecules. Liu and colleagues successfully developed a genetically encoded selection system that paves the way for the evolution of functional peptide nucleic acids.

Most calibrated
Bennett, B.D. et al. Nat. Chem. Biol. 5, 593–599 (2009)
Metabolomics has become a central technique for chemical biologists, but it is typically focused on relative changes in metabolite pools. Careful analysis of Escherichia coli's metabolome allowed Rabinowitz and colleagues to provide quantitative information about a host of compound concentrations, yielding new insights into in vivo biochemistry.

Best revival
English, B.P. et al. Nat. Chem. Biol. 2, 87–94 (2006)
The Michaelis-Menten equation has served enzymologists well since 1913 in its description of enzyme kinetics as a function of substrate concentration. Xie and colleagues used single-molecule spectroscopy to show that the classic formalism that held true in ensemble measurements is also valid at the level of individual proteins.

Best traffic conditions
Gerlach, H. et al. Nat. Chem. Biol. 6, 46–53 (2010)
The HIV-1 protein Nef is required for viral pathogenicity and has a known role in altering host signaling and trafficking pathways. Geyer and colleagues investigated the membrane dependence of these functions, showing that they are mediated by and may promote membrane curvature for endocytosis of host proteins.

Quickest chemistry
Leibeling, M. et al. Nat. Chem. Biol. 6, 199–201 (2010)
Searching chemical space for bioactive compounds requires new synthetic methodology. In this paper, Werz and colleagues described the development of a highly efficient domino reaction that forms three bonds in four mechanistic steps by one Pd catalyst to create complex natural product scaffolds from carbohydrate precursors.

Most collaborative
Renner, S. et al. Nat. Chem. Biol. 5, 585–592 (2009)
Chemical biology research often involves multiple laboratories. With authors from five countries on three continents, a paper from Waldmann and colleagues—which reported a method for using bioactivities to guide exploration of chemical space—is perhaps our most collaborative paper published to date.

Largest mRNA buildup
Kotake, Y. et al. Nat. Chem. Biol. 3, 570–575 (2007)

Kaida, D. et al. Nat. Chem. Biol. 3, 576–583 (2007)
At the time of publication, there were few inhibitors of RNA-containing complexes beyond the ribosome. Mizui and coworkers and Yoshida and colleagues independently identified the spliceosome as the target of anticancer natural products, providing the first inhibitors of this molecular machine.

Least likely activator
Okuzumi, T. et al. Nat. Chem. Biol. 5, 484–493 (2009)
Although kinase inhibitors can have unanticipated effects on complex signaling pathways, these inhibitors have always been assumed to inhibit their intended target. Shokat and colleagues reported the surprising finding that an Akt inhibitor, just by binding in the ATP pocket, induces a conformational change in Akt that leads to its activation by upstream kinases.

Biggest drug bust
Feng, B.Y. et al. Nat. Chem. Biol. 4, 197–199 (2008)
When Shoichet and colleagues showed that known fibrillization inhibitors can form colloidal aggregates and—vice versa—that numerous known chemical aggregators inhibit fibrillization of a model amyloid protein, they challenged the current dogma that these inhibitors were acting in various neurodegenerative diseases via a discrete mechanism.

Most orthogonal
Carrico, I.S., Carlson, B.L. & Bertozzi, C.R. Nat. Chem. Biol. 3, 321–322 (2007)
Bioorthogonal reactions are defined by the selective alteration of one chemical group within the complex environment of the cell. Here, Bertozzi and colleagues identified a six-residue peptide motif amenable to the enzymatic introduction of reactive aldehydes in a genetically encodable strategy, poising protein targets for further modification at these unique sites.

Most ironed out
Netz, D.J.A. et al. Nat. Chem. Biol. 3, 278–286 (2007)
Very little was known at the time this paper was published about how Fe-S clusters are assembled and inserted into proteins in the cytosol. Lill and colleagues identified two proteins that together form a scaffold for cytosolic Fe-S clusters, providing the first molecular insights into this process.

Best beta-testing
Chen, S. et al. Nat. Chem. Biol. 5, 258–265 (2009)
Embryonic stem cells hold great promise for therapy of various diseases including diabetes, which affects pancreatic beta cells. Melton and colleagues made progress toward generating beta cells when they showed that a small molecule could transform definitive endoderm derived from embryonic stem cells into pancreatic progenitors.

Most positive
Yamanaka, K., Maruyama, C., Takagi, H. & Hamano, Y. Nat. Chem. Biol. 4, 766–772 (2008)
Many natural products exist as families of related compounds, but polylysine—a natural polydisperse homopolymer—takes this to the extreme. Hamano and colleagues explained this diversity in their report of an unprecedented membrane-bound nonribosomal peptide synthetase that singlehandedly generates the full spectrum of polylysine chains.

Jaz-iest composition
Fonseca, S. et al. Nat. Chem. Biol. 5, 344–350 (2009)
Jasmonates are a class of plant hormones that modulate development and response to pathogens. Careful structural and biochemical analysis by Solano and coworkers identified the bioactive jasmonate stereoisomer and highlighted a potential mechanism for jasmonate turnover in plants.

Degterev, A. et al. Nat. Chem. Biol. 1, 112–119 (2005)
Cell death is known to occur via several pathways. In this work, Yuan and colleagues identified a small molecule that provided definitive evidence for a new cell death pathway, necroptosis, that combines aspects of apoptotic signaling with necrosis morphology and is invoked during ischemic brain injury.

Largest library
Clark, M.A. et al. Nat. Chem. Biol. 5, 647–654 (2009)
High-throughput screens typically involve libraries in the range of thousands to hundreds of thousands of compounds. In this paper, Morgan and colleagues used a new DNA-encoded chemistry method to synthesize an 800-million-member small-molecule library that could be used for affinity selection against protein targets.

Most FlAsHy
Luedtke, N.W., Dexter, R.J., Fried, D.B. & Schepartz, A. Nat. Chem. Biol. 3, 779–784 (2007)
Selective chemical tagging strategies, particularly those related to imaging applications, are a hallmark of chemical biology. The “bipartite tetracysteine display” approach of Schepartz and colleagues provided a new way to evaluate protein conformation and protein-protein interactions in living cells

Кинетика vs. термодинамика
Кинетика vs. термодинамика

Школа PI SCAMT: Стань руководителем глобальной лаборатории
Университет ИТМО приглашает принять участие в Школе PI. Школа PI - это возможность узнать как из точки А "молодой кандидат наук" дойти до точки Б "научный руководитель". За 1 неделю вы узнаете об этапах организации успешной исследовательской группы в России и разработаете дорожную карту построения своей собственной лаборатории. Школа PI подходит для кандидатов наук, защитивших диссертацию в области естественных наук не ранее 2015 года. Прием заявок до 1 мая 2021 г.

В новом выпуске бюллетеня «ПерсТ»: Новые титансодержащие комплексы для водородных
аккумуляторов. Зеленая электроника: мягкий актуатор из венериной мухоловки. Шелковичные черви создают новые нанокомпозиты in vivo. Конференции

В магистратуру МГУ - без экзаменов, юбилейная универсиада
Универсиада МГУ - уникальный конкурс, впервые проводимый в новом формате, который охватывает широкий диапазон участников – студентов и выпускников специалитета, бакалавриата, магистратуры, аспирантов, молодых ученых. Конкурс рассчитан на поддержку талантливой молодежи, мотивацию дальнейшего развития научно-исследовательской карьеры, пропаганду научных знаний, активное вовлечение участников в обмен мнениями и равноправное соревнование со своими сверстниками и коллегами на международном уровне, а также поступление в бесплатную магистратуру МГУ без экзаменов по результатам Универсиады.

Спинтроника и iPod
В 1988 году Альберт Ферт и Петер Грюнберг независимо друг от друга обнаружили, что электросопротивление композитов, составленных из чередующихся слоев магнитного и немагнитного металла может невероятно сильно меняться при приложении магнитного поля. В течение десятилетия это, казалось бы, эзотерическое наблюдение революционным образом изменило электронную промышленность, позволяя накапливать на жестких дисках все возрастающий объем информации.

ДНК правит компьютером
Бидыло Тимофей Иванович
Наиболее вероятно, что главным революционным отличием процессоров будущего станут объемная (3D) архитектура и наноразмер составляющих, что позволит головокружительно увеличить количество элементов. Сегодня кремниевые технологии приближаются к своему технологическому пределу, и ученые ищут адекватную замену кремниевой логике. Клеточные автоматы, спиновые транзисторы, элементы логики на молекулах, транзисторы на нанотрубках, ДНК-вычисления…

Будущее техники отразилось в идеальном нанозеркале
Кушнир Сергей Евгеньевич
Свыше 99,9% падающего излучения отражает новое зеркало, построенное физиками США. А ведь толщина его составляет всего-то 0,23 микрометра. Специалисты говорят, что новинка способна улучшить параметры многих компьютерных устройств, где применяется лазерная оптика.

Технопредпринимательство в эпоху COVID-19

Небольшой опрос о том, как изменились подходы современного предпринимательства в контексте новых и возникающих форм ведения бизнеса, онлайн образования, дистанционных форм взаимодействия и коворкинга в эпоху пандемии COVID - 19.


Технопредпринимательство - идея, которая принесет свои плоды при бережном культивировании и взращивании. И наша наноолимпиада, и Наноград от Школьной Лиги РОСНАНО, и проект Стемфорд, и другие замечательные инициативы - важные шаги на пути реализации этой и других идей, связанных с развитием новых высоких технологий в нашей стране и привлечением молодых талантов в эту вполне стратегическую область. Ниже приведен небольшой опрос, который позволит и нам, и вам понять, а что все же значит этот модный термин, и какова его суть.

Технопредпринимательство на марше

Мы традиционно просим вас высказать свои краткие суждения по вопросу технопредпринимательства и проектной деятельности школьников. Для нас очевидно, что под технопредпринимательством и под проектной деятельностью школьников каждый понимает свое, но нам интересно ваше мнение, заодно вы сможете увидеть по мере прохождения опроса, насколько оно совпадает или отличается от мнения остальных. Ждем ваших ответов!

Сайт создан в 2006 году совместными усилиями группы сотрудников и выпускников ФНМ МГУ.
Сайт модернизирован для ресурсной поддержки проектной деятельности учащихся в рамках ГК 16.647.12.2059 (МОН РФ)
Частичное или полное копирование материалов сайта возможно. Но прежде чем это делать ознакомьтесь с инструкцией.