Нанотехнологическое сообщество Нанометр, все о нанотехнологиях
на первую страницу Новости Публикации Библиотека Галерея Сообщество Объявления Олимпиада ABC О проекте
 
  регистрация
помощь
 
Рис. 1. Односпиральные ДНК - темплаты для нанотрубок
Рис. 2. Получение нанотрубок из темплатов
Рис. 3. АСМ-изображение нанотрубки треугольного сечения

Нанотрубки... из ДНК

Ключевые слова:  ДНК, нанотрубки

Опубликовал(а):  Уточникова Валентина Владимировна

18 апреля 2009

Нанотрубки из ДНК могут быть темплатами при росте нанопроволок, ориентировать трансмембранные белки при их анализе с использованием ядерного магнитного резонанса, а также потенциально могут исполнять роль жесткой связки или наноразмерного переносчика лекарств. Современные методы создания нанотрубок из ДНК приводят к симметричным цилиндрическим биспиральным объединениям. Однако ученые из Монреаля предлагают способ получения таких нанотрубок другой формы - треугольного и квадратного сечения. Кроме того, им удалось получить как двух-, так и односпиральные нанотрубки, обладающие разной жесткостью. Возможность варьировать форму и спиральность нанотрубок расширяет границы их применения, например, позволяет растить нанопровода контролируемой формы.

Сегодня нанотрубки из ДНК синтезируют при вертикальном упорядочении двойных спиралей с последующим замыканием, однако Файсал Алдайе с коллегами предлагает изначально строить геометрически четкие односпиральные строительные блоки ДНК с жесткими органическими углами, такие, как показано на Рис. 1. Затем эти субъединицы связываются с помощью линкеров, образуя нанотрубки заданной формы (Рис. 2).

Например, для получения нанотрубки треугольного сечения (3nt) к темплату 3 добавляются три комплементарных спирали (КС) ДНК с «клейкими концами», после чего к образовавшемуся фрагменту 3-3 добавляют спирали жесткости (СЖ) для пространственной ориентации этих липких концов сверху и снизу от плоскости треугольника (3`). Три двойные связывающие спирали (СС) с соответствующей последовательностью нуклеотидов объединяют наборы строительных блоков в нанотрубку 3nt. По этой же методике можно получать и другие нанотрубки, например, квадратного сечения.

Изображение АСМ показывает, что при этом действительно формируются неразветвленные нанотрубки длиной несколько микрон. Для того, чтобы провести профильный анализ, в каждый угол треугольника каждого строительного блока поместили «булавку». Расстояния, замеренные между булавками при профильном анализе (Рис. 3, b, внизу), составляют 45 нм. Это как раз втрое больше длины блока, что доказывает, что они развернуты друг относитльно друга примерно на 40°, и каждая четвертая булавка находится над первой. Таким образом, в треугольной нанотрубке присутствует спиральная ось с периодом повторяемости 9 шагов.


Источник: Nature Nanotechnology



Комментарии
чем-то напоминает швейцарскую игрушку geomag, предлагаю назвать эту разработку nanogeomag
Владимир Владимирович, 20 апреля 2009 05:10 
Или nano- K'nex
Что-то такое же делают в ИБХ.
fozgen, 21 апреля 2009 02:59 
Двойной нано - и нанотрубки, и наносборка. :)
Был уверен, что среди авторов будут Миркин или Зееман, но ошибся, теснят корифеев...
Наногеомаг =) Отлично =))
Скажите, пожалуйста, как авторы статьи предполагают заставить односпиральные блоки с рисунка 1 объединяться именно по три или по четыре?
fozgen, 27 апреля 2009 12:38 
Сначала готовятся линейные аналоги, которые
потом замыкаются в цикл.
хм. извините, но я умею читать. и именно об этом и спросила - почему образуются треугольнички или квадратики? почему не пятиугольники, не смесь?
fozgen, 27 апреля 2009 17:30 
Если умеете читать, то неплохо бы и писать
понятнее. Треугольники образуются потому что
линейный блок состоят из трех жестких
участков (точнее 2 целых и двух половинок). В случае с четырехугольником -
четырех. Никаких пятиугольников или смесей
образовываться не может.
Для лучшего понимания придется в геомаг поиграться. :)
Да, напишите попонятнее, последуйте своему совету. Какие такие ЖЕСТКИЕ УЧАСТКИ?

Как на основе этих треугольничков затем строятся трубки, я поняла. Рисунок 2 отлично все иллюстрирует. Я бы еще лигазки туда добавляла (а может, они так и делают).

А вот про сами треугольнички непонятно. Раз для вас всё очевидно - снизойдите, пожалуйста, и объясните по-человечески.

В тексте написано: "Файсал Алдайе с коллегами предлагает изначально строить геометрически четкие односпиральные строительные блоки ДНК с жесткими органическими углами, такие, как показано на Рис. 1." Рисунок 1 вижу. Понять, какая сила заставляет ребра собираться по три, не могу.
fozgen, 27 апреля 2009 19:10 
"Какие такие ЖЕСТКИЕ УЧАСТКИ?"

Участки ДНК.

По поводу построения треугольников попытаюсь
объяснить на пальцах упрощенную ситуацию.
Представьте себе геомаг, состоящий из трех
палочек и трех шариков, образующий прямую
линию, где на одном конце остался свободный
шарик. Теперь попробуйте ее согнуть, что
получится? Теперь представляете как
получается треугольник и почему не получится
квадрат?
Эта часть понятна?
нет
Почему-то одноцепочечная ДНК не представляется "жесткими участками". Да и двуцепочечная тоже.
fozgen, 27 апреля 2009 19:42 
А Вы и не представляйте, а сравните persistence length c длинной участка из 20
оснований.
К тому же, даже имея такие "палочки с шариками", почему мы не можем получить вместе с треугольниками еще и шестиугольники? И, наконец, как получить "геомаг из трех палочек и трех шариков", а не из четырех, пяти, шести, смеси всех этих возможностей?
fozgen, 27 апреля 2009 19:49 
Step by step.
С жесткостью понятно?
Нет, непонятно.
Для двуцепочечной ДНК нашла, что "persistence length" составляет около 50 нм, или 150 пар оснований.
(Как это свойство по-русски называется?)
Для одноцепочечной пишут, что около 0,7 - 1 - 1,3 нм.
fozgen, 27 апреля 2009 20:29 
Для одноцепочечной пишут, что около 0,7 - 1 - 1,3 нм.

Это при довольно высокой концентрации соли.
Для 10-3 - 10-2 почти на порядок больше, то
есть соизмеримо с длинной обсуждаемой цепи
ДНК. Что это значит понятно?
Вот здесь, например, написано, что для 10-2 эта ваша длина равна примерно 40 ангстрем. Это не порядок
Таким образом, понятно, что вы пытаетесь меня запутать (и остальных читателей тоже). Длина "обсуждаемой цепи ДНК" нигде в заметке не упомянута. Ионная сила растворов - тоже. Если у вас есть статья, может, просто поделитесь? Я уверена, там объяснено понятнее, без этих высокомерных "догадываетесь, что это значит?"

Или объясняйте нормально. Тогда я буду вам верить, не буду лезть в гугл, и мы вместе напустим пыль в глаза и мне, и кому угодно.
Допустим, ребята молодцы и подобрали такие условия, в которых фрагменты оцДНК можно считать жесткими ребрышками. Давайте следующий намек, а я буду догадываться, что это значит.
Ага, ссылка на статью появилась, работающая! Ура!!! Раньше вместо нее была ссылка на журнал.
fozgen, 28 апреля 2009 01:03 
Вот здесь, например, написано, что для 10-2 эта ваша длина равна примерно 40 ангстрем. Это не порядок

Это не моя длина, а классическая характеристика жесткости цепи. И 40 ангстрем почти на порядок больше 7, что и было написано выше. В любом случае, это больше длины цепи и оная является жесткой (rod-like).


Таким образом, понятно, что вы пытаетесь меня запутать (и остальных читателей тоже). Длина "обсуждаемой цепи ДНК" нигде в заметке не упомянута. Ионная сила растворов - тоже.

Вы сами даже не пытаетесь разобраться в вопросе, а ввязываетесь в бессмысленный спор по простейшим вещам. В статье есть все детали, вплоть до структуры ДНК фрагментов.
В общем, удачи в чтении, помощь здесь бесполезна.
20 упомянутых вами нуклеотидов - это примерно 80 ангстрем. В любом случае, это больше классической характеристики жесткости цепи. Если вы не можете донести до собеседника простейшие вещи - моя ли в том вина?

Статью посмотрю, конечно. Раз уж из перевода непонятно самое интересное. Просто, видите ли, в начале дня там стояла неправильная ссылка. А в конце дня у меня не было возможности этой ссылкой воспользоваться.
40 ангстрем почти на порядок больше 7
зато того же порядка, что и 13!
Ах, ну я так и знала. Уважаемые авторы не утверждают, что их одноцепочечная ДНК - "жесткая". Эта "жесткость" была введена в обсуждение с единственной целью - запутывающей Более того, треугольнички и квадратики не складываются из трех или четырех отдельных "ребрышек". Они складываются из одного синтетического предшественника. А от димеров или каких-нибудь еще больших возможных -меров отделяются электрофоретически.

Уважаемый fozgen может возразить, что он об одном линейном предшественнике и говорил. Но так как обсуждать возможные шестиугольники он отказался, то я и не смогла понять, какие же такие чудесные предшественники он имел в виду.

Жаль, что автор перевода не пожелала поучаствовать в объяснении. А то мне еще непонятно, что такое "органический угол". Гугл не знает такого выражения...

Но, конечно, более интересный вопрос - а уложится ли в двуцепочечную структуру замкнутый одноцепочечный фрагмент ДНК? Или, вернее, почему он все-таки укладывается? (Ведь, судя по всему, укладывается). Известно же, что у кольцевой ДНК неизбежно возникает проблема сверхспирализации при переходах из дцДНК к оцДНК (и даже между разными формами дцДНК).
fozgen, 30 апреля 2009 10:44 
Жаль, что автор перевода не пожелала поучаствовать в объяснении.

И я ее отлично понимаю.
Здорово, что вы понимаете друг друга . Жаль, что не можете донести ваше общее понимание до других людей.
Трусов Л. А., 30 апреля 2009 14:32 
а зачем? проще заподозрить непонимающих в неполноценности.

Для того чтобы оставить комментарий или оценить данную публикацию Вам необходимо войти на сайт под своим логином и паролем. Зарегистрироваться можно здесь

 

Грандканьон
Грандканьон

Наносистемы: физика, химия, математика (2024, Т. 15, № 1)
Опубликован новый номер журнала "Наносистемы: физика, химия, математика". Ознакомиться с его содержанием, а также скачать необходимые Вам статьи можно по адресу: http://nanojournal.ifmo.ru/articles/volume15/15-1
Там же можно скачать номер журнала целиком.

Наносистемы: физика, химия, математика (2023, Т. 14, № 5)
Опубликован новый номер журнала "Наносистемы: физика, химия, математика". Ознакомиться с его содержанием, а также скачать необходимые Вам статьи можно по адресу: http://nanojournal.ifmo.ru/articles/volume14/14-5
Там же можно скачать номер журнала целиком.

Наносистемы: физика, химия, математика (2023, Т. 14, № 4)
Опубликован новый номер журнала "Наносистемы: физика, химия, математика". Ознакомиться с его содержанием, а также скачать необходимые Вам статьи можно по адресу: http://nanojournal.ifmo.ru/articles/volume14/14-4
Там же можно скачать номер журнала целиком.

Материалы к защитам магистерских квалификационных работ на ФНМ МГУ в 2023 году
коллектив авторов
30 мая - 01 июня пройдут защиты магистерских квалификационных работ выпускниками Факультета наук о материалах МГУ имени М.В.Ломоносова.

Материалы к защитам выпускных квалификационных работ бакалавров ФНМ МГУ 2022
Коллектив авторов
Материалы к защитам выпускных квалификационных работ бакалавров ФНМ МГУ 2022 содержат следующую информацию:
• Подготовка бакалавров на факультете наук о материалах МГУ
• Состав Государственной Экзаменационной Комиссии
• Расписание защит выпускных квалификационных работ бакалавров
• Аннотации квалификационных работ бакалавров

Эра технопредпринимательства

В эпоху коронавируса и борьбы с ним в существенной степени меняется парадигма выполнения творческих работ и ведения бизнеса, в той или иной мере касаясь привлечения новых типов дистанционного взаимодействия, использования виртуальной реальности и элементов искусственного интеллекта, продвинутого сетевого маркетинга, использования современных информационных технологий и инновационных подходов. В этих условиях важным является, насколько само общество готово к использованию этих новых технологий и как оно их воспринимает. Данной проблеме и посвящен этот небольшой опрос, мы будет рады, если Вы уделите ему пару минут и ответите на наши вопросы.

Технопредпринимательство в эпоху COVID-19

Небольшой опрос о том, как изменились подходы современного предпринимательства в контексте новых и возникающих форм ведения бизнеса, онлайн образования, дистанционных форм взаимодействия и коворкинга в эпоху пандемии COVID - 19.

Технонано

Технопредпринимательство - идея, которая принесет свои плоды при бережном культивировании и взращивании. И наша наноолимпиада, и Наноград от Школьной Лиги РОСНАНО, и проект Стемфорд, и другие замечательные инициативы - важные шаги на пути реализации этой и других идей, связанных с развитием новых высоких технологий в нашей стране и привлечением молодых талантов в эту вполне стратегическую область. Ниже приведен небольшой опрос, который позволит и нам, и вам понять, а что все же значит этот модный термин, и какова его суть.



 
Сайт создан в 2006 году совместными усилиями группы сотрудников и выпускников ФНМ МГУ.
Сайт модернизирован для ресурсной поддержки проектной деятельности учащихся в рамках ГК 16.647.12.2059 (МОН РФ)
Частичное или полное копирование материалов сайта возможно. Но прежде чем это делать ознакомьтесь с инструкцией.